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Ressources humaines
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Introduction à l’analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit

Objectifs

Connaître les principales méthodes de préparation de librairies, leurs avantages et leurs inconvénients
Connaître les principales technologies de séquençage haut débit (NGS) et leurs spécificités
Connaître les éléments importants permettant de planifier une expérience de RNAseq et de ChIPseq
Connaître les formats et contenus des fichiers générés par un séquenceur Illumina et par les principaux logiciels d’analyse de données de séquençage haut débit
Comprendre le principe des méthodes d’analyse des données de RNAseq et de ChIPseq et savoir interpréter et visualiser les résultats obtenus
Savoir utiliser les principales fonctionnalités de Galaxy
Connaître les principales fonctionnalités d’un navigateur de génomes

Pré-requis

Aucun

Public

Biologistes ayant des projets en cours ou à venir utilisant du séquençage haut débit

Programme

Présentation des technologies de séquençage de 2nde génération et introduction aux technologies de 3ème génération (théorie)
Présentation des méthodes de préparation de librairies pour le séquençage ou le reséquençage de génomes (DNAseq) (théorie)
Introduction aux navigateurs de génomes et à leurs outils d’interrogation (théorie et pratique sous Ensembl/Biomart)
Analyse primaire des données de séquençage haut débit : principaux formats de fichiers (FastQ, SAM/BAM, WIG, BED,…) et contrôles qualité (théorie et pratique)
Alignement des données de séquençage haut débit : choix de la méthode en fonction de l’application (théorie)
Présentation des principales méthodes de préparation de librairies de RNAseq et smallRNAseq
Analyse de données de RNAseq : quantification, normalisation et analyses statistiques (théorie), analyses fonctionnelles, visualisation et interprétation des résultats (pratique)
Introduction à Galaxy (pratique)
Présentation de la méthode de préparation de librairies de ChIPseq
Analyse de données de ChIPseq : visualisation des données, détection et annotation des pics, classification et détection de motifs (théorie et pratique)
Analyse de la corrélation entre des données de RNAseq et de ChIPseq (pratique)

Durée

2 jours

Intervenants

Céline KEIME et Stéphanie LE GRAS (IGBMC)

Dates

les 24 et 25 Septembre 2015

Lieu

Campus de Cronenbourg - Centre d'accueil des chercheurs - Bât 40 - Salle interactive - 23 rue du Loess - 67200 Strasbourg

Informations

Ressources humaines > Pôle formation
Mme Gabrielle BOULANGER
formation@alsace.cnrs.fr